Las Unidades de Investigación del Sistema de Investigación son los equipos de trabajo y grupos de investigación formalmente constituidos y acreditados por la Facultad. Están integradas por Profesores Titulares, profesionales, y estudiantes de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, y también pueden formar parte de las Unidades de Investigación profesionales o estudiantes de otras Unidades Académicas y Universidades.

Cada una de las Unidades de Investigación define su misión, visión, líneas de Investigación o sus ejes temáticos. Como coordinadores fungen profesores titulares de la Facultad con experiencia en investigación y gestión.